Il 21 gennaio si celebra Sant’Agnese, la giovane martire probabilmente decapitata durante il regno di Diocleziano. Secondo la tradizione il suo corpo venne seppellito nelle catacombe cristiane sulla Nomentana, che poi presero il suo nome. Una primitiva basilica, i cui resti sono ancora tuttora visibili, fu costruita da Costanza, figlia dell’imperatore Costantino, nella metà del IV sec., affianco alla catacomba e non sopra. Era di grandi dimensioni, divisa in tre navate e con funzioni cimiteriali.
Papa Onorio I (625-638) decise di costruire un nuovo edificio, poiché quello costantiniano era ormai in pessime condizioni, questa volta sopra la tomba della martire. Nel corso dei secoli la chiesa andò in contro a diversi rifacimenti, che le conferirono l’aspetto attuale. Inizialmente il pavimento era cosmatesco e il tetto a capriate lignee.
L’ambiente è diviso in tre navate da colonne di spoglio, quella centrale è coperta da un soffitto dell’inizio XVII sec., il pavimento è del XIX sec. Su tre lati dell’edificio, in alto, corrono le gallerie del matroneo.
Lungo le navatelle si aprano una serie di cappelle dedicate a destra a: Sant’Agostino, la Pietà, Santissimo Crocifisso. Le cappelle di sinistra invece a la Confraternita dei Sacri Cuori di Gesù e Maria, al Santissimo Sacramento e alla Pia Unione Primaria delle figlie di Maria.
Il vero capolavoro è il mosaico absidale del tempo di Onorio I. Su un letto di tessere dorate, delimitato in basso da una fascia verde, ad indicare il terreno, ed in alto da un cielo stellato, si ergono tre figure ieratiche. Al centro Sant’Agnese, con un ricco abito, regge tra le mani un rotolo, affiancata forse da papa Simmaco, l’ultimo restauratore della basilica costantiniana, e papa Onorio I con il modellino della chiesa nuova. La composizione è dominata da bidimensionalità e linearità. Il mosaico è chiuso in basso da una lunga iscrizione in lettere dorate su fondo azzurro.